Año 1560, periodo del "Sengoku Jidai". Japón se encuentra dividido en pequeños reinos, controlados por un Daimyo o señor de la guerra, quienes están en conflicto constante para conseguir unificar el país bajo su bandera. En este año, dos de los grandes Daimyos de Japón, Dosan Saito y Nobunanga Oda, se ven inmersos en una de las más cruentas guerras que la historia japonesa ha conocido.
En una batalla nocturna librada por los dos ejércitos en los campos de Okehazama, las tropas de Nobunaga literalmente aplastan a las de Saito, que se ven obligadas a retirarse. Afortunadamente, una flecha certera lanzada por uno de los arqueros de Saito, consigue hacer blanco en el mismísimo general Nobunaga, dándole muerte al perforarle la garganta.
Tras esta derrota, y a pesar de haber eliminado a Nobunanga Oda, el clan Saito se ve inmerso en continuas disputas, que acaban en una conspiración en la que el mismo hijo del señor de la guerra asesina a su padre para asumir el poder. Akechi Samanosuke, un samurai de la guardia personal del difunto señor Saito, se ve envuelto en un conflicto moral al no poder ofrecer lealtad al asesino de su señor. Samanosuke decide elegir el exilio antes que el suicidio, y abandona el castillo Inabayama.
Más de un año después, el samurai recibe una carta de la princesa Yuki Saito, donde le explica que en el reino están desapareciendo misteriosamente cientos de personas y que se rumorea que son criaturas demoníacas las responsables.... Samanosuke vuelve al castillo, pero es demasiado tarde. Yuki ha sido secuestrada. Nobunaga Oda, que tras firmar un pacto con Fortinbras, rey de los demonios, ha vuelto de la muerte para ajusticiar al clan que lo vio morir.. Para rescatar a la princesa de las garras de estos malignos muertos vivientes, Samanosuke solo cuenta con su destreza en el manejo de sus espadas y un guante mágico, que tendrá que perfeccionar para enfrentarse a todo un ejército de enemigos.
13 años después de que Samanosuke Akechi derrotara al señor de los demonios en plena época Feudal Japonesa siglo XVI.
Nobunaga Oda, por voluntad de los dioses demonio, ha resucitado junto con sus huestes Genma demonios guerreros del folclore japonés. Mientras lleva a cabo su plan de conquista, Nobunaga arrasa pueblos, ciudades y monasterios a su paso, matando por igual a hombres, mujeres y niños.
Tras el brutal ataque a una villa perpetrado por el infame señor de la guerra Nobunaga Oda, Yagyu Jubei, un joven guerrero y maestro del Yagyu Shinkage, un estilo de lucha con espada, que busca la venganza por el ataque de Nobunaga a su pueblo.
Siguiendo una dulce voz femenina, Jubei se adentra en una cueva, donde descubre un estanque y a una bella Oni, mujer demonio, llamada Takajyo, quien resulta ser la madre de Jubei y quien transfiere al samurai parte de sus poderes para que pueda vengar la muerte de su pueblo. Desde ese momento, Jubei se ve inmerso en una cruzada por encontrar a Nobunaga que le llevará por distintas partes del Japón, e incluso al mundo de los demonios.
Yangyu Jubei no estara solo en esta batalla contara con la ayuda de como Oyu, la guerrera, Ekei, el maestro de la lanza estilo hozoin, Magoichi, líder del regimiento de artilleros "Kishu Saiga Gun", o Kotaro, el ninja Fuma que trabaja para el clan Hojo.
Samanosuke Akechi, desaparecido tras derrotar al Rey de los Demonios Fortinbras.
al atacar perfectamente sincronizados con dos armas a sus dos adversarios. De repente una voz proveniente del núcleo hace que sus dos rivales se detengan, y entonces emerge un demonio que reclama toda su atención, tras ponerle en serias dificultades, consigue llegar hasta el núcleo mismo de la nave, y rompe la unión que lo sujeta, haciéndolo caer contra la inmensa bestia que consigue hacerlo moverse, su enemigo trató de evitarlo lanzándole su espada, pero consigue devolver este ataque, y salir volando de la fortaleza que se encuentra a punto de explotar.
Tras saltar desde una altura increíble, cambia de arma, y utiliza su Senpumaru para aterrizar sano y salvo. Su terrible enemigo está furioso tras la destrucción de su fortaleza, y le invita a un combate desigual, pero Samanosuke, gracias a su guantelete absorbe las almas de todos los enemigos derrotados y se transforma en el Genma Onimusha, y bajo esta excepcional apariencia, consigue acabar con su rival, que emite una sonora carcajada antes de morir y explotar. Nobunaga Oda ha estado al tanto de todo lo ocurrido, y grita el nombre de Samanosuke.
Tras derrotar a su enemigo y con los refuerzos fuera de combate, Akechi Samanosuke se reúne con los de su clan para asaltar el templo. Tras dar caza a Nobunaga y derrotar a su siervo Mori Ranmaru, el enfrentamiento final da comienzo, pero Samanosuke se ve absorbido por un misterioso portal que le transporta 400 años en el futuro, al París actual.
Jacques Blanc, uno de los oficiales más condecorados de los franceses, se ve arrinconado por los Genma hasta que la repentina aparición de Samanosuke le salva la vida. Sin tiempo para agradecimientos, un nuevo portal absorbe a Blanc, enviándolo al pasado, al Japón feudal. Dos épocas distintas, dos héroes desubicados y un sólo objetivo; terminar por siempre con los Genma y con Nobunaga Oda.
Los heroes no estaran solos Ako, entregada por el Clan Oni a Jacques cuando le dotan del poder del guantelete. Ako será una compañera inseparable ya que pondrá sus poderes mágicos a su servicio. En primer lugar teleportándose de época a época para hablar con los dos héroes y ponerlos al día de como avanzan los acontecimientos, y en segundo, gracias a los vestidos mágicos que recogen para ella.
Jacques podrá emplear 3 armas mágicas más. El Enjaken, cuyo elemento es el fuego y que es báscimante un látigo-espada muy parecido a la espada de Ivy en Soul Calibur, el Raisenou, una doble lanza articulada con el poder del trueno y el Hyousaikyuu, una contundente y poderosa bola de pinchos que tiene el poder del hielo, con el que podremos congelar a los enemigos y hacerlos mil pedazos con un golpe posterior.
Como arma secreta se incluye el Oni Mensou y como habilidad especial, el transformarse en Oni, ya que a pesar de ser francés de pura cepa, el estar vinculado al guantelete, le permite a Jacques entrar en este estado tras recoger 6 almas púrpura, al igual que su compañero. Todo un avance para un extranjero en tierras niponas.
Samanosuke tiene el catálogo mucho más amplio, sumando en total 10 armas de filo. En un primer momento, y en el asalto al templo Honnoji junto a su tio, Samanosuke puede utilizar las armas mágicas obtenidas, que son Raizan, Enryuuken, Shippuu y la legendaria espada Bishamon. Una vez es transportado al futuro, Sam las pierde y queda equipado únicamente con la espada de su clan, la Akechi-Make, pero poco a poco irá consiguiendo 5 armas más.
En primer lugar destacan las Tensoujin, las espadas del cielo, esas dos espadas cortas sin duda un arma muy espectacular. Como segunda adquisición encontramos a Kuugatou, una potente espada a dos manos con el poder del aire, y para terminar, Chigouhu, un gigantesco hacha con el poder de la tierra. Al completar al 100% los Phantom Realms obtendremos también el arma más poderosa del juego, la "verdadera espada Onimusha" o Kizanrisamoji. Como apunte desvelar también que en cierto momento, Samanosuke blandirá también la espada del mismísimo Nobunaga.
En esta guerra tambien esta Michelle Auburi, novia de Jacques y suboficial del ejército galo. Michelle está equipada con armas de fuego, utilizando un moderno rifle de asalto con mira láser, una shotgun y un lanzagranadas. También es capaz de lanzar granadas de mano.
Los 4 se enfrentaran a los genmas pero solo Jack y Samanosuke se enfrentan a Nobunaga Oda por el destino del mundo.
Quince años después de la derrota de Nobunaga a manos de Samanosuke. Tras la unificación del país a manos de Toyotomi Hideyoshi, la paz parecía haber llegado a las tierras de Japón. A pesar de ello, el pueblo no vivía esta paz de la misma forma, y la opresión de Hideyoshi se hacía más patente con el paso de los años. Con la aparición de un extraño planeta de color rojo en el firmamento se inicia una serie de catástrofes naturales y el carácter del gobernante cambia totalmente hacia una actitud dictatorial y déspota con los habitantes del país.
Por si fuera poco, la reaparición de los Genma como aliados de Hideyoshi no hace más que acrecentar el clima de tensión y el terror entre la población. Afortunadamente, un personaje con grandes poderes hace acto de aparición. Se trata de un guerrero que porta dos espadas y una armadura de color azul al que se conoce como Soki. Encarnándole deberemos viajar por el país para acabar con la tiranía del malvado dictador y finalizar de una vez por todas la actividad de los demonios en el mundo real.
